Dopo aver letto la risposta di Draco ho riletto meglio la domanda e ho trovato questo passo:
oggi senza volere ho scollegato hd manualmente e dopo riaccendendolo ho notato che mancava una cartella con dei file
Mi sa che Draco ha ragione; se l'hard disk è stato scollegato accidentalmente senza prima essere stato rimosso in modo sicuro, si rischia una perdita di dati. Attenzione: solo se è stato scritto qualcosa sull'hard disk; se è stato aperto in sola lettura no..
Generalmente, si usa effettuare una rimozione sicura in quanto, per velocizzare il trasferimento, i dati vengono scritti in una memoria temporanea dell'hard disk molto più veloce dell'hard disk stesso; poi pian piano questi dati vengono memorizzati nell'hard disk. Questa memoria ha il solo limite di essere "volatile"; appena si scollega la periferica, i dati vengono persi.
Facendo la rimozione sicura o aspettando un po' (dipende da vari fattori quanto aspettare) questi vengono forzati ad essere scritti fisicamente sull'hard disk.
Quindi, ricapitolando, se l'hard disk è stato rimosso durante la copia dei files e/o appena dopo questa copia, il problema potrebbe essere questo; l'hard disk magari non s'è danneggiato ma non ha avuto il tempo di scrivere i dati in modo permanente.
Questo, comunque, non vale solo per gli hard disk ma anche per le penne USB (anzi per queste credo che il discorso valga ancora di più!!)..